Henri Waquet a réalisé une monographie intitulée » confidences d’un recteur bas breton » d’après les écrits de Maurice Gueguen vicaire de Trégourez à cette époque. La paroisse de Trégourez fut administrée sous Louis XIV par un recteur zélé, soucieux de ses archives. Messire Maurice Gueguen, ainsi se nommait-il, dressa en 1657 une table des anciens registres de baptêmes, mariages et sépultures. En annexe au registre en cours qu’il tenait lui-même, il rédigea, en l’agrémentant de réflexions personnelles (en 1668 et 1672) un recensement à la fois numérique et moral de ses ouailles. Au total en 1672 Trégourez comptait 872 h. Des fréquentes épidémies comme la peste ravageaient les communes voisines, dont Elliant en particulier. Tregourez fut semble t-il préservée de ce terrible fléau. Une fois encore le clergé su en tirer parti en effectuant des quêtes en l’honneur de St Sébastien dont la puissance divine serait intervenu en faveur des braves gens de Tregourez. Ceux-ci lui faisaient confiance et pensaient sans doute qu’il méritait bien quelque chose en compensation.La Révolte des Bonnets Rouges (révolte du papier timbre à la suite des impôts nouveaux décidés par Louis XIV en 1675) qui souleva les paysans de Basse Bretagne fut particulièrement violente . Une troupe rassemblée à Briec reçoit une fausse information selon laquelle le marquis se trouve au château de la Boissière à Edern. Des dizaines de paysans des paroisses de Landudal, Tregourez et Plogonnec se rendent au château qu’ils pillent et brûlent en partie. Les manoirs pillés, incendiés… beaucoup ne seront pas reconstruits… Les représailles furent terribles : pendaisons, condamnations à la déportation, fortes amendes. A l’enterrement à Laz du seigneur de Laz, Luc de Kernezne, en octobre 1699, on fait mention de Jacques Furie : recteur de Châteauneuf du Faou, Olivier de Lochrist : recteur de Leuhan et Vincent de Kerguelen : recteur de Tregourez. La paroisse de Tregourez deviendra définitivement séparée de Laz en 1793, date à laquelle la révolution supprima les « Trêves ».
Trégourez aura son cahier de doléances au printemps 1789. Le maintient provisoire du domaine congéable, dont la suppression est revendiquée dans les remontrances de la commune, conduira certains habitants à recourir à la violence.
Pendant la Révolution, Trégourez a connu les péripéties de la Chouannerie, sous l’impulsion de Antoine d’Amphernet, vicomte de Pont Bellanger, mari de Louise du Bot du Grégo, propriétaire de Trévarez. Il mourut de façon mystérieuse vers 1796. Les Chouans Morbihannais rassemblés près du Faouët traversèrent le 18 juin 1795 la Cornouaille pour aller s’emparer de 6 à 7 milliers de poudre à Pont de Buis.
Ils passèrent par Rouadallec, s’arrêtèrent au Manoir de Kersalaun, et arrivèrent à Tregourez au début de l’après-midi au nombre de 800, commandés par Lantivy et Kersalaün. Ils s’arrêtent sur la place de l’église et fouillent toutes les maisons pour trouver des armes.
« Ce jour 29 prairial an III, le citoyen Kerincuff a dit que le matin de ce jour (…) il arriva — à Trégourez — environ cent hommes qui fouillèrent toutes les maisons pour avoir des armes… » Ils furent rejoints par trois autres bandes de 100 hommes chacune ; L’une venant de Trévarez en Laz, l’autre de Coray et la troisième d’Edern. De Tregourez ils se rendirent à Edern (y assassinèrent l’instituteur), à Briec (ou le curé eu le même sort, puis par Pont Coblant, arrivèrent le soir à St Ségal. Après avoir fait leur coup à Pont de Buis, ils regagnèrent leurs bases morbihannaises en passant par Plovenez du Faou, Landeleau, Pont Trifen, St Hernin.

« 14 pluviôse an VII (2 février 1799) Alain Bouriquen de Trégourez au lieu La Motte doit avoir été capitaine des chouans et les soutenir encore. Il ne serait pas étonnant qu’il fut instruit de tous les vols commis et que lui-même donna des renseignements sur les époques ou l’on perçoit les contributions « .
Le chef des Chouans de Cornouaille était un certain Ducap qui opérait dans la région de Briec en 1795. Il se cacha à Tregourez et fut arrêté à Kerhuel en Laz et exécuté avec ses Compagnons. A la suite de l’échec de cette opération, les chouans voit leurs effectifs régresser. Des proçès verbaux de l’époque font état de rassemblement de chouans, liés à une réunion nocturne prévue à Tregourez dans la nuit du 29 ventôse an IV (19 mars 1796). Un mois plus tard, Brehier, commissaire, déclare que à Trégourez l’agitation chouanne n’a plus cours ; « On a également tenté de séduire cette petite commune mais, les efforts des malveillants ont été impuissants et, les petits attroupements qui ont eu lieu ont bientôt été dissipés. Tous respire la paix, l’ordre et la tranquillité ; tout est soumis aux lois du gouvernement ».
En 1795 et 1796, l’armée des Côtes de l’Océan est cantonnée à Coray et dans d’autres communes proches. Les populations sont tenues de lui faire des fournitures de bois, foin, paille et chevaux. Le 6 mars 1797, la levée des chevaux commence. Le recensement à Trégourez montre que la commune compte 97 chevaux. La quasi totalité des propriétaires possède une seule bête ; 7 d’entre-eux en possèdent 2.
Le Directoire succède à l’ancien Régime, mais pour autant le peuple n’est pas plus heureux. Le régime n’apporte pas de réponse à la détresse financière du pays. L’agent municipal déclare à l’administration centrale du Finistère le 27 août 1797 ; « Citoyens administrateurs, Je viens de publier et faire mettre à jour le rôle de la contribution foncière de la commune de Tregourez, en recouvrement pour les 3/5e dont elle est débitrice : Je ferai ce qui dépendra de moi dans les délais accordés par la loi. Salut et fraternité – Perennec ».
En 1795 – 1800, s’opère une réduction du nombre de cantons, et celui de Coray, avec Leuhan et Tregourez, est intégré dans le vaste canton de Châteauneuf-Du-Faou. La population de Trégourez avoisine les 1 000 habitants et vit essentiellement de la culture, de l’élevage, de l’artisanat et du commerce. Les nouvelles structures administratives nécessitent le recrutement de personnel sachant lire et écrire la langue officielle, le français. Les agents de la révolution eurent toutes les ifficultés à recruter des responsables municipaux compétents. A Trégourez, le commissaire constate , « l’agent ne sais ni lire, ni écrire. L’adjoint signe seulement avec beaucoup de difficultés; un nommé Corentin Le Bourhis, leur secrétaire, dirige seul les opérations. » Deux mois plus tard, le nouvel agent, signe un document qui porte en bas de page « Jean le Bourhis, agent, déclare ne savoir signer ».